จากการศึกษาทางพันธุศาสตร์โมเลกุล พืชในวงศ์มะละกอ (Caricaceae) มีต้นกำเนิดในแอฟริกาในช่วงต้นของมหายุค Cenozoic เมื่อ 66 ล้านปีก่อน ซึ่งเป็นยุคเดียวกันกับการเกิดของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม พืชในวงศ์นี้แพร่กระจายจากแอฟริกาไปยังอเมริกากลางประมาณ 35 ล้านปีที่แล้ว ก่อนเดินทางไปยังอเมริกาใต้เมื่อประมาณ 19-27 ล้านปีที่ผ่านมา
จากการศึกษาและจำแนกชั้นทางพฤกษศาสตร์ พืชในวงศ์นี้มีประมาณ 34-35 ชนิด (species) โดยแบ่งได้เป็น 6 สกุล (genera) ดังนี้
- Cylicomorpha – พบ 2 สปีชี่ส์ ในทวีปแอฟริกา
- Carica – มีเพียง 1 สปีชี่ส์ ซึ่งก็คือมะละกอ (Carica papaya) ปัจจุบัน ในทวีปอเมริกา
- Horovitzia มีเพียง 1 สปีชี่ส์ พบในบริเวณเม็กซิโกปัจจุบัน
- Jacaratia –มี 8 สปีชี่ส์ , กระจายในทวีปอเมริกา
- Jarilla – มี 4 สปีชี่ส์ , กระจายในทวีปอเมริกา
- Vasconcellea – มี 20 สปีชี่ส์ , กระจายในทวีปอเมริกา
(Carvalho FA. 2013 Department of Plant Sciences , University of Oxford)
โดยเหตุที่แทบไม่พบหลักฐานทางโบราณคดีของมะละกอ เช่น ละอองเรณูของมะละกอ ทำให้การศึกษาวิวัฒนาการและการแพร่กระจายพันธุ์ต้องอาศัยการศึกษาทางพันธุศาสตร์เป็นหลัก ซึ่งพบว่าศูนย์กลางของแหล่งกำเนิดของมะละกอ (Carica papaya) นั้นอยู่ในบริเวณตอนใต้ของเม็กซิโกและอเมริกากลาง
(Mariana Chávez-Pesqueira and Juan Núñez-Farfán, 2017)
ก่อนการเข้ามาของยุโรป ชาวมายาและวัฒนธรรมสำคัญในภูมิภาคนั้นมีการปลูกและค้าขายมะละกอแล้วอย่างกว้างขวาง(Colunga-GarcíaMarín และ Zizumbo-Villarreal, 2004) อีกทั้งใช้ประโยชน์อย่างอื่น เช่นการใช้เอนไซม์ปาเปนในการทำให้เนื้อนุ่มโดยการห่อด้วยใบมะละกอ ซึ่งต่อมาความรู้นี้ได้ถูกใช้แพร่หลายในยุโรปหลังยุคล่าอาณานิคม
สเปนคือชาติแรกที่ทำให้มะละกอกระจายจากเมโสอเมริกาไปสู่พื้นที่และทวีปอื่น เช่น มีบันทึกว่านำไปปลูกต่อที่เกาะ Hispaniola (ปัจจุบันคือเฮติและซานโตโดมิงโก) ในปี 1521 และจากนั้นได้กระจายไปเกาะและพื้นที่อื่นๆ เช่น จาเมกา คิวบา รวมถึงบราซิล และอาร์เจนตินา
ในปี ค.ศ. 1526 มะละกอถูกนำออกนอกอเมริกาไปยังอินโดนีเซีย (Storey et al., 1986) หลังจากนั้นก็แพร่กระจายอย่างรวดเร็วไปยังประเทศอื่นๆ ในเอเชีย โดยทั้งสเปนและโปรตุเกส (Piper, J. M. 1989) มีบันทึกว่ามะละกอปลูกเป็นครั้งแรกที่ฟิลิปปินส์เมื่อปี 1550 และอินเดียในปี 1611 (G Fuentes · 2014) หลังจากนั้นค่อยแพร่ไปปลูกในแอฟริกา โดย โปรตุเกส เดนมาร์ก อังกฤษ และฝรั่งเศส (Manshardt, 2014)
แม้มีการถกเถียงอยู่บ้างว่ามะละกอเข้ามาปลูกในสยามครั้งแรกเมื่อใดกันแน่ ระหว่างยุคอยุธยาหรือตอนต้นรัตนโกสินทร์ แต่ การศึกษาของ Bernard Maloney ในบทความชื่อ “Environmental Reconstruction at Ayutthaya” ที่ตีพิมพ์ใน “Southeast Asian Archaeology Newsletter” เมื่อปี 1999 พบหลักฐานทางโบราณคดีของละอองเรณูมะละกอที่ชั้นล่างสุดของสระน้ำในพระราชวังโบราณอยุธยา เช่นเดียวกับละอองเรณูของสับปะรด (ซึ่งเป็นพืชนำเข้าจากต่างประเทศเช่นกัน) ระบุอายุได้ว่าอยู่ในช่วงสมัยกรุงศรีอยุธยา ทำให้น่าจะสรุปได้ว่า มะละกอเข้ามาปลูกตั้งแต่สมัยอยุธยาแล้ว (อ้างอิงจากบทความเรื่อง ประวัติศาสตร์ของมะละกอ : ข้อถกเถียงที่ยังไม่จบ โดย เดชรัต สุขกำเนิด, 2562)
ปัจจุบัน อินเดียเป็นประเทศผู้ผลิตมะละกอมากที่สุด ที่ 5,699,000 ตันต่อปี บราซิลมาเป็นอันดับสองด้วยการผลิตปีละ 1,424,650 ตัน อินเดียและบราซิลผลิตรวมกันมากกว่า 50% ของทั้งหมดของโลก ส่วนประเทศไทยผลิต 169,942 ตันต่อปี อยู่ในอันดับที่ 10
มะละกอ พริก (รวมทั้งมะเขือเทศ) ซึ่งมาจากดินแดนไกลเมื่อหลายร้อยปีก่อน ถูกนำมาปลูก คัดเลือก และแพร่พันธุ์ให้เหมาะสมกับระบบนิเวศและวิถีวัฒนธรรม ผสมผสานกับวัตถุดิบอาหารท้องถิ่น กลายเป็น “ส้มตำ” ที่แพร่หลาย รู้จักกันทั่วโลก จนแทบจะเรียกได้ว่าเป็นอาหารประจำชาติ ก็ด้วยเส้นทางที่ได้กล่าวแล้ว
