โดยเมื่อกล่าวถึงความหลากหลายทางชีวภาพนั้น จะหมายถึงความหลากหลายใน 3 ระดับคือ
- ความหลากหลายของระบบนิเวศ (ecosystem diversity) ซึ่งโอบล้อมความหลากหลายของสิ่งมีชีวิตต่างๆ การทำลายความหลากหลายของระบบนิเวศย่อมเป็นการทำลายความหลากหลายของชนิดและสายพันธุ์สิ่งมีชีวิตทั้งหมด ความหลากหลายของระบบนิเวศยังครอบคลุมถึงระบบนิเวศเกษตรต่างๆ ที่ค้ำจุนชนิดและสายพันธุ์พืชปลูกหรือสัตว์เลี้ยงด้วย
- ความหลากหลายของชนิดสิ่งมีชีวิต (species diversity) ได้แก่ พืช สัตว์ และสิ่งมีชีวิตประเภทอื่นๆ ที่ปรากฎอยู่ในโลก ทั้งที่อยู่ในระบบนิเวศตามธรรมชาติและระบบนิเวศเกษตร ซึ่งในหลายกรณีระบบนิเวศเกษตรยังช่วยสร้างให้เกิดความหลากหลายทางชีวภาพให้มากขึ้นด้วยก็ได้
- ความหลากหลายของสายพันธุ์ และความหลากหลายทางพันธุกรรม (varieties and genetic diversity) เป็นความหลากหลายภายในชนิดของสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิด รวมทั้งความหลากหลายของหน่วยพันธุกรรมที่อยู่ในสายพันธุ์ต่างๆของทั้งพืชและสัตว์ต่างๆ
ความหลากหลายทั้ง 3 ระดับเกี่ยวข้องสัมพันธ์กัน การอนุรักษ์และฟื้นฟูความหลากหลายทางชีวภาพจึงไม่อาจแยกส่วน เช่น สร้างความหลากหลายของสายพันธุ์ หรืออนุรักษ์ชนิดของพืชและสัตว์ แต่ต้องรักษาระบบนิเวศทั้งหมดไปพร้อมกันด้วย
เช่นเดียวกันกับ การฟื้นฟูชนิดหรือสายพันธุ์พืชและสัตว์ที่เป็นปัญหาใหญ่ของโลกปัจจุบันนั้น จำเป็นต้องสร้างระบบนิเวศเกษตรที่เกื้อกูลให้เกิดความหลายทางพันธุกรรมการเกษตรไปพร้อมกันด้วย
