การเจรจาเอฟทีเอระหว่างประเทศไทยกับสหภาพยุโรปนั้น สหภาพยุโรปมีแนวโน้มจะเสนอให้ ประเทศไทยขยายการคุ้มครองพันธุ์พืชให้เป็นไปตามอนุสัญญา UPOV1991 ให้ประเทศไทยเข้าเป็นภาคีใน สนธิสัญญาบุดาเปสต์(Budapest Treaty) และขยายการคุ้มครองสิทธิบัตรให้ครอบคลุมสิ่งมีชีวิต (Patenting on Life-forms) เหมือนกับที่ได้เจรจาและลงนามในความตกลงกับหลายประเทศที่ผ่านมา การยอมรับข้อเสนอของสหภาพยุโรปจะส่งผลกระทบต่อการเปลี่ยนแปลงกฎหมายและการบังคับ ใช้พ.ร.บ.คุ้มครองพันธุ์พืช พ.ศ.2542 พ.ร.บ.สิทธิบัตร พ.ศ.2522 และจะกระทบกับกลไกการขออนญาตุ และแบ่งปันผลประโยชน์ในการเข้าถึงทรัพยากรชีวภาพ ละเมิดสิทธิเกษตรกร และหลักการสิทธิอธิปไตย ของประเทศเหนือทรัพยากรชีวภาพภายใต้อนุสัญญาว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพ เปิดโอกาสให้ บรรษัทข้ามชาติผูกขาดพันธุ์พืช และใช้กฎหมายสิทธิบัตรในการครอบครองทรัพยากรชีวภาพของประเทศ
จากการประมวลผลกระทบทางเศรษฐกิจพบว่า โดยเบื้องต้นจะทําใหเกษตรกรต้องจ่ายค่าพันธุ์พืช แพงขึ้นตั้งแต่ 2-6 เท่า หรือเพิ่มขึ้นจากเดิม 52,179- 114,390 ล้านบาท เสียโอกาสได้รับการแบ่งปัน ผลประโยชนจากการที่บริษทและสถาบันวิจัยต่างๆเข้ามาใช้ประโยชน์จากทรพยากรชีวภาพคิดเป็นมูลค่า ทางเศรษฐกิจ 10,740,400,000 – 48,928,000,000 ล้านบาท/ปี และปิดโอกาสวิสาหกิจ/บริษทของท้องถิ่น ในการพัฒนายาที่มาจากทรัพยากรชีวภาพและภูมิปัญญาท้องถิ่นคิดเป็นมูลค่าประมาณ 59,798 ล้านบาท/ปี รวมผลกระทบทางเศรษฐกิจคิดเป็นมูลค่า 122,717 – 223,116 ล้านบาท/ปี ซึ่งไม่คุ้มค่ากับการที่ บริษัทบางกลุ่มได้รับสทธิ GSP ซึ่งมีมูลค่าเพียง 34,560 ล้านบาท/ปีเท่านั้น ทั้งนี้ไม่รวมผลกระทบระยะยาว ที่จะเกิดขึ้นกับการพัฒนานวัตกรรมของทองถิ่น ความมั่นคงทางอาหาร และโอกาสของประเทศไทยในการ ใช้ประโยชนจากความหลากหลายทางชีวภาพเพื่อรับมือกับการเปลยนแปลงของภูมิอากาศ วิกฤตพลังงาน และปัญหาสิ่งแวดล้อมที่คุกคามประเทศไทยมากยิ่งขึ้น
การเจรจาในสองเรื่องคือการเข้าเป็นภาคยูปอฟ 1991 และการขยายสิทธิบัตรใน สิ่งมีชีวิตเป็นเรื่องที่ไม่ควรหยบยกขึ้นมาเจรจา โดยต้องยืนยันใหั ประเด็นทรัพย์สินทางปัญญาทั้งสองเรื่องนี้ อยู่ภายใต้กรอบความตกลงขององค์การการค้าโลกเท่านั้น ส่วนการเข้าเป็นภาคีบูดาเปสต์นั้นควรยอมรับ เมื่อระดับการพัฒนาเทคโนโลยีชีวภาพของประเทศไทยใกล้เคียงกับสหภาพยุโรปมากกว่านี้ และมี หลักประกันเกี่ยวกับการเข้าถึงและแบ่งปันผลประโยชน์ ของทรัพยากรชีวภาพตามอนุสัญญาว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพและพิธีสารนาโงยา(Nagoya Protocol on Access to Genetic Resources and the Fair and Equitable Sharing of Benefits Arising from their Utilization to the Convention on Biological Diversity)
